Στην Μύκονο υπάρχουν μουσεία που αξίζει να επισκεφτεί ένας λάτρης του πολιτισμού. Το Αρχαιολογικό Μουσείο Μυκόνου είναι χτισμένο στο σημείο Καμνάκι πάνω από το παλιό λιμάνι. Σκοπός είναι να στεγάσει ευρήματα του Βόθρου της Καθάρσεως του 5ου αιώνα π.Χ., τα οποία αποκαλύφθηκαν στη Ρήνεια το 1898, αλλά και άλλων τάφων του νησιού. Στο Μουσείο εκτίθενται αγγεία προϊστορικών και υστεροελληνιστικών χρόνων, αγάλματα, στήλες και άλλα, με πολύ σημαντική αξία ο Πίθος της Μυκόνου, πιθαμφορέας με ανάγλυφες παραστάσεις από τον Τρωικό Πόλεμο. Το Λαογραφικό Μουσείο της Μυκόνου αποτελεί επίσης ένα εξαιρετικό μουσείο που βρίσκεται στη θέση Κάστρο, λίγο πιο μακριά από την περίφημη Παραπορτιανή, ενώ στεγάζεται σε ένα παλιό καραβοκυραίικο σπίτι. Το Μουσείο φιλοξενεί συλλογές παλαιών επίπλων, κεραμικών, κεντημάτων και άλλα σημαντικά εκθέματα από το νησί. Το Αγροτομουσείο ενσαρκώνει την ιδέα ενός υπαίθριου μουσείου και φιλοξενεί εκθέματα από τον μύλο του Μπόνη και κάποιες νεότερες αγροτικές εγκαταστάσεις όπως το αλώνι, ο περιστερώνας και ο φούρνος. Σκοπός του μουσείου είναι να διασώσει το στοιχείο της αγροτικής νησιώτικης Ελλάδας. Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου στεγάζεται σε ένα παραδοσιακό κυκλαδίτικο κτίριο του 19ου αιώνα, στη θέση Τρία Πηγάδια. Στο μουσείο φιλοξενούνται ομοιώματα κωπήλατων, ιστιοφόρων και ατμήλατων πλοίων, από την προϊστορική περίοδο μέχρι και τις μέρες μας. Στο μουσείο υπάρχει συλλογή χαρτών, χαρακτικών και άλλα, ενώ στο Ναυτικό μουσείο ανήκει και το σκάφος “Ευαγγελίστρια” που βρίσκεται στο παλιό λιμάνι τα καλοκαίρια.