Είναι σημαντικό να αναφερθούν κάποιες από τις πιο γνωστές και διάσημες εκκλησίες και μοναστήρια του νησιού. Η Παραπορτιανή αποτελεί διώροφο συγκρότημα πέντε εκκλησιών όπου οι τέσσερις βρίσκονται στο ισόγειο και η μία είναι υπερυψωμένη. Αυτή η μία λαμβάνει το όνομα της Παναγιάς Παραπορτιανής. Το όνομά της το έχει πάρει από το “παραπόρτι”, το μεσαιωνικό τείχος της Μυκόνου. Ανάμεσα στις μεταβυζαντινές εκκλησίες ανήκουν η Ζωοδόχος Πηγή, η Πανάχρα, η Αγία Κυριακή, ο Άγιος Νικόλαος του Γιαλού και η Αγία Ελένη. Περισσότερες από 70 εκκλησίες έχουν κηρυχθεί από το ΥΠ.ΠΟ. διατηρητέα ιστορικά μνημεία. Είναι σημαντικό να αναφερθούν ο Μονή Παναγίας Τουρλιανής και το Μοναστήρι Παλαιοκάστρου. Η Μονή Παναγίας Τουρλιανής ιδρύθηκε το 1542 στη θέση της παλιάς εκκλησίας των Εισοδίων της Παναγίας. Φιλοξενεί το αξιοθαύμαστο μπαρόκ τέμπλο, τον επισκοπικό θρόνο και τον άμβωνα που φημολογείται ότι κατασκευάστηκαν στη Φλωρεντία, ενώ οι εικόνες του τέμπλου ανήκουν στον αγιογράφο Ιωάννη από την Κέρκυρα. Εντυπωσιάζει με τα αρχιτεκτονικά δείγματα της παραδοσιακής κυκλαδίτικης μαρμαρογλυπτικής. Το Μοναστήρι Παλαιοκάστρου αποτελεί μια γυναικεία μονή από τον 18ο αιώνα με χαρακτηριστική μοναστηριακή αρχιτεκτονική των Κυκλάδων και βρίσκεται στα βόρεια της Άνω Μεράς. Το όνομά της το έχει λάβει από το γειτονικό λόφο “Παλιόκαστρο”. Το μοναστήρι θεμελιώνεται σε λείψανα αρχαίας οχύρωσης και στην περιοχή έχει αναγνωριστεί μία από τις δύο αρχαίες πόλεις της Μυκόνου.